Управа граничне полиције, као организациона јединица Дирекције полиције у седишту Министарства, јесте јединствена, централизована и хијерархијски организована на централном, регионалном и локалном нивоу.

Организациона структура

 Управа граничне полиције у свом саставу има следеће организационе јединице:

• Служба за границу коју чине:
  • Одељење за граничне провере,
  • Одељење за надзор границе и управно поступање у граничним пословима,
  • Регионални центар граничне полиције према Хрватској – Нови Сад,
  • Регионални центар граничне полиције према Мађарској – Суботица,
  • Регионални центар граничне полиције према Румунији – Вршац,
  • Регионални центар граничне полиције према Бугарској – Димитровград,
  • Регионални центар граничне полиције према Македонији – Прешево,
  • Регионални центар граничне полиције према Црној Гори – Прибој,
  • Регионални центар граничне полиције према Босни и Херцеговини – Ужице,
  • Станица граничне полиције Београд,
  • Станица граничне полиције Ниш - Аеродром и
  • Станица граничне полиције Краљево,

• Служба за странце коју чине:
  • Одељење за странце и
  • Одељење за прихват и смештај странаца,
• Оперативни центар,
• Одељење за послове прекограничне сарадње и оперативне послове,
• Канцеларијa за азил,
• Одељење за анализу ризика,
• Одељење за сузбијање прекограничног криминала,
• Јединица за спровођење компензаторних мера,
• Одељење за професионалне стандарде и полицијске вештине,
• Одељење за оперативну подршку и опремање.

У складу са потребама које се односе на јачање и даље унапређење полицијске сарадње  са свим земљама у непосредном окружењу од стране Управе спроводи се низ активности за успостављање и функционисање заједничких контакт служби (центара/ канцеларија) на основу  Конвенције о полицијској сарадњи у југоисточној Европи (Беч 2006)  или билетералних споразума о полицијској сарадњи.

У досадашњем периоду  успостављене су заједничке контакт службе (центри/канцеларије) са суседним земљама:

• према Македонији - заједнички контакт центар Табановце - Прешево,
• према Бугарској - заједнички контакт центар Калотина - Градина,
• према Мађарско ј- заједнички контакт центар Реске - Хоргош,
• према Хрватској - заједничка контакт служба Бајаково - Батровци,
• према Босни и Херцеговини и Црној Гори - трилатерални заједнички контакт центар Требиње,
• према Румунији - заједничка контакт канцеларија Портиле де Фиер 1 - Ђердап 1.

Управа граничне полиције осигурава свакодневну радну повезаност и пуну координацију са регионалним центрима и станицама граничне полиције на терену, као и другим линијама рада у оквиру МУП-а и другим државним органима и институцијама, обављајући послове: надзора државне границе, граничне провере, подизања нивоа безбедности на аеродромима и међународном пловном путу на рекама Дунав,Тиса и Сава;  сузбијања прекограничног криминала; анализе ризика;  контроле  кретања  и боравка  странаца;  сузбијања трговине људима; азила;  контроле законитости у раду и  логистике.

Управа граничне полиције у складу са Законом о полицији и на основу међународних уговора, обавља послове међународне сарадње, учествује у припреми прописа, анализа, извештаја и информација за надлежне органе Републике Србије и друге органе и организације.